소개：‘카오루’의 죽음 이후 공황 상태에 빠진 ‘신지’. 한편, 네르프 총사령관 ‘겐도’는 ‘서드 임팩트’ 즉, ‘인류보완계획’을 놓고 ‘제레’와 갈등을 벌인다. 이에 ‘제레’는 양산형 에바를 투입해 네르프 본부와 에바 파일럿들을 향해 총공격을 감행하고 맹공에 혼수 상태였던 ‘아스카’까지 완전히 폭주한다. ‘신지’는 ‘미사토’의 도움으로 겨우 초호기에 오르지만, 인류의 운명을 결정해야 하는 상황에 한계에 부딪히게 되는데…
소개：친애하는 길베르트 소령님, 오늘도 또 당신을 떠올리고 말았습니다. 무엇을 보든 무엇을 하든 당신이 떠오릅니다. 시간이 지나도 당신과 보냈던 기억은 선명하게 되살아납니다. 당신은 날 곁에 두었고 아무것도 모르는 제게 살아가는 방법을 가르쳐 주셨고 처음으로 사랑이라는 감정을 알려주셨습니다. 그래서 이렇게 또 편지를 쓰게 됩니다. -언젠가 이 편지가 당신에게 닿기를 바라며-