소개：고대 이집트에서 신으로 숭배받았던 최초의 돌연변이 아포칼립스가 오랜 잠에서 깨어난다. 초능력을 흡수해가며 수천년을 살아온 아포칼립스는 스톰, 사일록, 아크엔젤 그리고 매그니토에게 자신의 힘을 나누어준 뒤, 그들과 함께 현재의 세상을 뒤엎고 새로운 세상을 건설하려 한다. 찰스 자비에와 미스틱은 아포칼립스의 지구 종말 계획을 알아채고, 진 그레이, 사이클롭스, 퀵 실버, 나이트크롤러 등 젊은 돌연변이들과 함께 아포칼립스에 대항한다.
소개：유전자 변이로 태어나 비범한 감각과 능력을 가진 엑스맨들은 인간들로부터 경원당한다. 돌연변이 등록 법안이 추진되는 등 적대감이 고조되자 친구 사이였던 돌연변이 지도자 찰스 자비에 교수와 매그니토는 상반된 방법으로 대응에 나선다. 자비에가 엑스 맨들의 초능력으로 인류를 보호하고 공존하려고 애쓰는 반면 폭력을 택한 매그니토는 등록 법안을 추진하는 상원의원 켈리를 납치해 UN 회담 현장에서 세계 정상들을 돌연변이로 만들려는 계획을 시작한다. 자기의 초능력을 발견하고 가출한 소녀 로그는 기억을 상실한 전사 울버린을 만나 사비에 교수의 엑스맨 군단에 합류한다.
소개：돌연변이들을 멸종시키기 위해 제작된 로봇 센티넬이 인간들까지 모조리 말살하는 2023년. 인류의 종말이 코앞에 닥친 상황에서 프로페서X와 매그니토는 과거를 통해 미래의 운명을 바꾸고자 한다. 울버린은 트라스크가 센티넬을 개발하는 것을 막기 위해 1973년으로 보내진다. 1973년의 찰스는 절망에 빠진 채 행크 맥코이와 함께 은둔 생활을 하고 있고, 에릭은 케네디 대통령 암살 용의자로 붙잡혀 펜타곤 지하 깊숙한 곳에 위치한 수용소에 갇혀 있다.
소개：공항 수하물 노동자로 일하며 음악의 꿈을 키우던 이민자 출신의 아웃사이더 파록 버사라. 보컬을 구하던 로컬 밴드에 들어가게 되면서 프레디 머큐리라는 이름으로 밴드 퀸을 이끌게 된다. 시대를 앞서가는 독창적인 음악과 화려한 퍼포먼스로 관중들을 사로잡으며 성장하던 퀸은 방송에서 외면을 받을 것이라는 음반사의 반대에도 불구하고 무려 6분 동안 이어지는 실험적인 곡 보헤미안 랩소디로 대성공을 거두며 월드스타 반열에 오른다. 그러나 독보적인 존재감을 뿜어내던 프레디는 솔로 데뷔라는 유혹에 흔들리게 되고, 오랜 시간 함께 해왔던 멤버들과 결별을 선언하게 되는데...
소개：백악관의 대통령 집무실에 괴한이 침입한다. 인간의 눈에 포착되지 않을 만큼 빠른 움직임, 경호원들이 속수무책으로 당하고 괴한은 돌연변이 구호가 새겨진 단도를 남겨둔 채 사라진다. 암살기도가 있고 난 뒤 돌연변이에 대한 비난여론이 거세지는 가운데 돌연변이 전문가 스트라이커는 문제의 진원지로 사비에 영재학교를 지목하고 나선다. 한편 자비에 교수는 대통령 암살미수사건 이면에 정치적 음모가 있음을 간파하고 암살자를 추적, 스톰과 진을 급파하는 한편 사건의 단서를 얻기 위해 매그니토를 찾아간다.