소개：1991년 뉴욕, 여섯 명의 범죄자가 은행에 침입한다. 그들이 노리는 것은 천만 달러짜리 레드 다이아몬드. 아슬아슬하게 범죄에 성공해 차를 출발시킨 순간, 리더 패트릭은 공범자 버로우가 다이아몬드를 바꿔치기 한 사실을 알게 된다. 패트릭의 눈이 증오로 이글거린다. 2001년 뉴욕. 정신과 의사 네이선은 긴급 호출을 받는다. 십 년 간 정신병원에 입원해 있었던 엘리자베스가 남자 간호사를 난자하는 일이 생기자, 그녀를 진단하기 위해 호출된 것. 첫 만남, 소녀는 의문의 말을 남긴다. "당신도 그들이 원하는 것을 찾으러 왔지? 난 절대 말하지 않아. 단 한 마디도..." 그녀의 말을 이해할 수 없는 네이선. 다음 날 네이선의 딸이 유괴된다. 유괴범의 전화. "엘리자베스에게서 그 숫자를 알아내. 오늘 저녁 5시까지. 안 그러면 딸은 죽는다." 최고의 정신과 의사에게 찾아온 잔혹한 게임. 딸의 목숨을 구하기 위해 퍼즐처럼 음모의 조각을 맞춰가는 네이선.
소개：킴(메기 그레이스)의 납치 사건으로 조직에 치명타를 입고, 가족의 목숨까지 빼앗긴 인신매매범 일당은 브라이언(리암 니슨)에게 똑같이 갚아주기 위해 조직력을 총동원, 그의 뒤를 쫓는다. 한편 이스탄불을 여행 중이던 브라이언과 전처 레노어(팜케 얀슨)는 알 수 없는 일당의 기습을 받고 납치되지만, 킴만은 극적으로 놈들의 손아귀에서 벗어난다. 어디론가 끌려가는 브라이언은 오직 소리에만 의존해 자신의 위치를 파악해간다. 감시를 피해 가까스로 탈출에 성공한 브라이언은 이제 킴과 레노아를 지키기 위해 다시 한번 전직 특수 요원의 실력을 발휘해 놈들을 역추적하기 시작하는데...
소개：유전자 변이로 태어나 비범한 감각과 능력을 가진 엑스맨들은 인간들로부터 경원당한다. 돌연변이 등록 법안이 추진되는 등 적대감이 고조되자 친구 사이였던 돌연변이 지도자 찰스 자비에 교수와 매그니토는 상반된 방법으로 대응에 나선다. 자비에가 엑스 맨들의 초능력으로 인류를 보호하고 공존하려고 애쓰는 반면 폭력을 택한 매그니토는 등록 법안을 추진하는 상원의원 켈리를 납치해 UN 회담 현장에서 세계 정상들을 돌연변이로 만들려는 계획을 시작한다. 자기의 초능력을 발견하고 가출한 소녀 로그는 기억을 상실한 전사 울버린을 만나 사비에 교수의 엑스맨 군단에 합류한다.
소개：돌연변이성 장관인 엑스맨 출신 비스트는, 제약 재벌 워렌 워딩턴 2세가 돌연변이 유전자를 영구히 제거하는 신약을 개발했으며 이를 빼내려던 매그니토의 오른팔 미스틱이 체포됐다는 보고를 받는다. 알칼리 호수에서 사라져 죽은 줄로만 알았던 진 그레이가 회생하여 돌아오고 자비에는 그녀의 숨겨진 이중자아 피닉스의 부활을 예감, 위험을 경고한다. 모든 상황을 인내해야 한다고 주장하는 엑스맨의 리더 자비에 교수와 적자생존의 법칙을 신봉하는 매그니토의 대립된 의견이 시험대에 오르고, 이는 세상의 모든 전쟁을 잠재울 최후의 전쟁으로 이어진다.
소개：파리로 여행을 떠난 딸 킴(매기 그레이스)이 아버지 브라이언(리암 니슨)과 통화를 하던 중 납치 당한다. 딸을 찾아 파리에 도착한 브라이언은 킴의 부서진 휴대전화에서 피터의 사진을 발견하고 그를 미행하지만, 결정적인 단서를 얻으려던 순간 피터는 죽고 만다. 마약에 중독된 여성들이 가득한 곳에서 킴이 입고 있던 재킷을 가진 여자를 발견한 브라이언은 그녀를 통해 실마리를 추적한다. 킴이 납치당하던 순간 휴대전화를 향해 소리쳤던 외모를 그대로 지닌 남자를 발견한 브라이언. 마침내 결정적 단서를 얻게 되고, 일생일대의 사투를 시작하는데...
소개：백악관의 대통령 집무실에 괴한이 침입한다. 인간의 눈에 포착되지 않을 만큼 빠른 움직임, 경호원들이 속수무책으로 당하고 괴한은 돌연변이 구호가 새겨진 단도를 남겨둔 채 사라진다. 암살기도가 있고 난 뒤 돌연변이에 대한 비난여론이 거세지는 가운데 돌연변이 전문가 스트라이커는 문제의 진원지로 사비에 영재학교를 지목하고 나선다. 한편 자비에 교수는 대통령 암살미수사건 이면에 정치적 음모가 있음을 간파하고 암살자를 추적, 스톰과 진을 급파하는 한편 사건의 단서를 얻기 위해 매그니토를 찾아간다.