소개：일 개미와 전투 개미가 모여 사는 개미왕국. 일개미인 Z는 평생 땅이나 파고 흙이나 옮기며 살아야 하는 자신의 신분과 처지를 한탄한다. Z는 전투 개미 친구인 위버를 바에서 만나 신세 타령을 늘어놓다가 한 술주정꾼으로부터 곤충의 천국에 관한 얘기를 듣는다. 그리고 마침 바에는 발라 공주가 몰래 놀러 나온다. 발라 공주는 머지않아 어머니인 여왕 개미로부터 왕실의 통치권을 물려받을 예정이며 전투 개미들의 사령관인 맨디블 장군과 약혼한 사이다. Z는 첫눈에 그녀에게 반하지만 그녀가 공주란 사실을 알고 나서 고민하게 되는데...
소개：젊은 지도 제작자 마일로는 전설의 섬 아틀란티스에 가보는 것이 꿈이다. 바닷속 어딘가에 아틀란티스가 실재한다고 말할 때마다 바보 취급을 받던 마일로에게 한 괴짜 갑부가 아틀란티스를 찾는 중요한 단서인 고대 문서를 전해준다. 갑부의 후원으로 탐험대를 꾸린 마일로는 요란한 모험 끝에 신비의 땅 아틀란티스를 발견한다.
소개：전편에서 막판에 이즈마를 배신하고, 정의의 편에 서서 쿠스코의 왕위 복귀를 도운 크롱크. 이제는 왕실 주방장을 그만두고 식당을 열었다. 동네 사람들 모두 음식솜씨 좋고 정많은 크롱크를 좋아하고, 크롱크에게는 단골 손님 뿐 아니라 친구들도 아주 많이 생겼다. 모든 것이 장밋빛인 듯 하지만, 한 장의 엽서가 도착하면서 크롱크의 모든 행복은 그 빛을 잃고 만다. 크롱크의 아버지가 크롱크를 보러 오겠다는 것이다. 크롱크의 아버지는 어린시절부터 크롱크에게 성공을 강조해왔으며, 자랑스럽게 여긴다는 말을 한번도 해준 적이 없다. 아버지가 생각하는 성공이란 언덕위의 집, 예쁜 아내, 귀여운 아이들이 있는 것이며, 크롱크는 이제껏 아버지에게 그런 생활을 하고 있다고 거짓말을 해왔다. 물론, 아버지가 도착해서 크롱크가 집도 없고 아내도, 아이도 없는, 그저그런 식당 주방장이란 사실을 알게 되면 무척이나 실망하실 것이다. 바로 이 때, 크롱크 앞에 이즈마가 다시 나타난다. 재기를 노리는 그녀는 시궁창 물을 “젊음의 약”으로 속여서 노인들에게 팔아, 그 돈으로 다시 한번 대권에 도전해 볼 생각이다. 아버지를 실망시키고 싶지 않은 크롱크는 이즈마의 계획에 가담하여 큰 돈을 벌게 되지만, 그 때문에 가깝게 지내던 노인들이 갈 곳을 잃자 양심의 가책을 느끼는데….
소개：비밀 요원직에서 퇴역 장교격인 프랭크 해리건의 전적은 화려했다. 그가 갑자기 하향길에 접어든 것은 케네디 대통령의 암살 사건 당시 바로 곁에 있었지만 결국 임무 수행을 다하지 못했기 때문이다. 그로 인한 죄의식에 괴로와하는 프랭크. 어느날 프랭크는 한 여자로부터 수상하다는 제보를 받고 그 집에 찾아간다. 그곳에는 케네디 암살 당시의 사진과 프랭크의 사진이 가득했다. 프랭크는 그날밤 알 수 없는 자로부터 전화를 받는다. 그는 현 대통령의 암살 계획을 은밀히 내보인다. 이 사건 이후 프랭크는 대통령 경호를 자청하는데, 이를 달가와하지 않는 몇몇 동료들과의 불화와 여자 경호원 릴리와의 로맨스도 시작된다. 프랭크는 전화 추적을 통해 그가 옛 CIA요원 미치 래리임을 밝힌다. 마침내 암살 계획범과 프랭크와의 대결은 시작되고, 추격전 중 파트너 알이 총에 맞아 사망한다. 한편, 극도로 예민해진 프랭크는 무고한 사람을 범인으로 오인하고, 평소 그를 싫어하던 비서 실장은 프랭크를 다른 곳으로 배치시킨다. 하지만 프랭크는 마침내 범인이 변장하여 침입한 사실을 발견하고 대통령을 저격하려는 순간, 자신의 몸으로 대통령을 방어한다. 범인과 프랭크의 일대일 대결은 시작되고. 결국 패배가 확실한 것을 안 범인은 자의에 의한 추락사로 최후를 맞이하고, 이제야 자신의 과거 실수를 만회한 프랭크는 빌리와 함께 자신의 아파트로 돌아간다.
소개：북대서양을 항해하던 무역선이 정체 불명의 바다괴물에게 공격당한다. 백만장자 휘트모어와 그의 아틀란티스 탐험대는 이 사고가 아틀란티스의 입구를 지키는 레비아탄의 소행일 것이라 추측하고 다시 아틀란티스를 찾는다. 제국의 재건을 돕기 위해 아틀란티스에 남았던 마일로는 오랜만에 찾아온 옛 동료들을 반갑게 맞지만, 사건의 정황을 듣고는 곧 심각한 걱정에 빠진다. 비록 레비아탄은 여전히 자신의 위치를 지키고 있었지만, 아틀란티스의 심장인 크리스탈의 부활로 인해 다른 곳에서 잠자고 있던 아틀란티스의 병기가 되살아났을 수도 있기 때문이다. 마일로와 키다는 함께 지상으로 나가 사태를 정확히 파악하고자 한다. 괴물이 나타났다는 바다 근처를 항해하고 있을 때, 예의 바다 괴물이 마일로 일행을 공격해온다. 소형 잠수정으로 탈출한 이들은 운좋게 목숨을 구하지만, 파도에 떠밀려 안개 자욱한 섬에 이르게 된다. 그곳의 지도자처럼 보이는 노인 볼거드는 그들을 숙소로 안내하지만, 배를 수리하는 대로 떠날 것을 종용하는 등 의심스런 태도를 보인다.