소개：‘카오루’의 죽음 이후 공황 상태에 빠진 ‘신지’. 한편, 네르프 총사령관 ‘겐도’는 ‘서드 임팩트’ 즉, ‘인류보완계획’을 놓고 ‘제레’와 갈등을 벌인다. 이에 ‘제레’는 양산형 에바를 투입해 네르프 본부와 에바 파일럿들을 향해 총공격을 감행하고 맹공에 혼수 상태였던 ‘아스카’까지 완전히 폭주한다. ‘신지’는 ‘미사토’의 도움으로 겨우 초호기에 오르지만, 인류의 운명을 결정해야 하는 상황에 한계에 부딪히게 되는데…
소개：<p>도쿄 근방의 타마 구릉지. 두 무리로 나뉘어 살던 너구리들은 도쿄의 개발 계획인 뉴타운 프로젝트로 인해 그들의 숲이 파괴되자, 이에 대항하기 위해 중지되어 있던 변신술의 부흥과 인간연구 5개년 계획을 추진하기로 합의한다. 또한 시코쿠와 사도 지방에 살고 있는 전설의 장로 등에게도 원군을 청하기로 하고 가위 바위 보 시합을 통해 사자를 보낸다. 너구리들은 외부의 원군이 오기를 기다리며, 변신술 특훈과 변신술을 이용한 게릴라 작전으로 인간들의 개발 계획과 공사를 방해하지만 결국 뉴타운 개발 계획 저지에는 효과가 거의 없다는 것을 깨닫게 된다. 이 때, 그토록 기다리던 전설의 장로 3명이 시코쿠 지방에서 도착하는데...</p>