소개：어린 시절부터 ‘머펫 쇼’를 좋아하던 월터와 게리. 친한 친구 한명 없이 오직 동생 게리만을 친구로 둔 월터는 동생 게리와 그의 여자 친구 기념일에도 같이 여행을 가야하는 불쌍한 처지다. 로스앤젤레스로 여행을 가는 게리와 메리의 기념 여행에 동참하게 된 월터는 머펫 스튜디오에 방문할 생각에 들뜬 마음을 감출 수 없다. 이제 폐허가 되다시피한 머펫 스튜디오에 도착한 월터와 게리, 메리는 실망을 감추지 못하고, 월터는 우연히 머펫 쇼의 메인 호스트인 커밋의 옛 사무실에서 석유왕 텍스 리치맨이 이 스튜디오를 인수해 유전 사업을 시작하려는 음모를 듣게 되는데...
소개：오직 돈만을 위해 독신으로 살아온 구두쇠 영감 스크루지. 그는 유일한 혈육인 조카 프레드나 자신의 충직한 직원인 밥 크래칫에게도 각박하게 대한다. 이미 주변 사람들에게 인심을 잃은지는 오래인 그에게 어느 크리스마스 이브 날 밤, 죽은 사업 동료 말리 형제가 나타난다. 말리 형제는 스크루지에게 그의 과거, 현재, 미래를 보여주며 그의 잘못된 생활에 대해 경고한다. 자신의 눈 앞에 보여지는 그 광경에 참회의 눈물을 흘린 스크루지는 비로소 자신의 삶을 반성하게 된다.
소개：고아 소년 짐(Jim Hawkins: 케빈 비솝 분)은 바다를 동경해, 꿈과 모험이 기다리는 바다로 나가고 싶어한다. 안개가 자욱한 어느날 밤, 짐의 술집에 묵고 있던 빌리(Billy Bones: 빌리 코놀리 분)에게 한 장님이 찾아와서는 커다란 검은 점이 그려진 종이를 주고 간다. 뱃사람에게 있어 검은 점은 사형 선고를 의미하는 것으로, 빌리가 플린 선장의 보물 지도를 갖고 있다는 걸 눈치챈 해적들이 선전 포고를 하고 간 것이다. 빌리는 죽기 일보 직전에 보물 지도를 짐에게 넘기고, 곧 몰려든 해적들이 소란 피우는 틈을 타서 짐은 리조, 간조(Gonzo: 데이브 고엘즈 분)와 함께 그곳을 빠져 나온다. 그들은 빌리가 가르쳐준대로 트릴로니를 만나 히스파니올라호를 타고 보물을 찾아 나선다. 히스파니올라 호에는 철두철미한 부선장 미스터 애로우, 개구리 선장 스몰리, 바닷가재를 애완동물로 기르는 외다리 요리사 롱 존 실버(Long John Silver: 팀 커리 분) 등의 선원들이 타고 있었다. 짐이 새로운 친구들과 즐거운 시간을 보내는 사이, 리조와 간조는 실버의 바닷 가재 폴리 일당에게 납치되어 끔찍한 고문을 당한다. 보물 지도를 숨겨둔 곳을 말하라며 리조를 고문하려는 순간, 다행히도 미스터 애로우가 나타나 둘을 구해 주고, 일당을 체포한다. 사태가 심각해지자, 짐은 스몰리 선장(Captain Abraham Smollett: 스티브 휘트미러 분)에게 지도를 맡기고, 선장은 지도를 금고 안에 넣어 둔다. 끈질기게 짐을 구슬려 지도가 선장실의 금고에 있다는 사실을 알아낸 실버는 그날 밤, 미스터 애로우에게 현재 배가 매우 위험한 지역을 항해하고 있다며 미리 살펴보는 것이 배의 안전을 위해 좋을 것 같다고 말한다. 고지식한 미스터 애로우는 실버의 꾀에 넘어가 배의 열쇠 꾸러미를 비롯한 귀중품을 그에게 맡기고서 구명정을 타고 뱃길을 조사하러 나선다.
소개：언제나처럼 개구리 커미트와 미스 피기는 사랑에 빠지고, 다른 머펫 친구들은 유쾌한 소동과 가무를 선사하며, 가끔 유명한 배우들이 톡톡 카메오로 등장합니다. 이 영화만의 차별화되는 기둥 줄거리가 있다면 [그레이트 머펫 케이퍼]가 '탐정 물'이라는 것. 머펫 일행은 레이디 홀리데이의 사라진 보석을 둘러싼 음모에 말려들고 미스 피기는 보석 도둑의 누명을 뒤집어 쓰는데..