소개：전 세계에 퍼진 치명적인 바이러스인 시미안 플루로 인해 유인원들은 나날이 진화하는 반면, 살아남은 인간들은 점차 지능을 잃고 퇴화해 간다. 멸종 위기에 처한 인간들은 유인원의 리더 시저를 찾아 없애려 하지만, 숲에 머물고 있다는 시저는 몇 년째 은신한 채 모습을 드러내지 않는다. 어느 날 인간 군대의 리더 대령(우디 해럴슨)이 시저의 거처를 급습해 그의 가족을 죽이는 사건이 일어난다. 분노한 시저는 오랫동안 함께해 온 동료 모리스(카린 코노발), 로켓(테리 노터리) 등과 함께 복수의 여정을 떠난다.
소개：아버지의 알츠하이머 치료약 개발을 위해 유인원을 이용, 임상시험에 몰두하는 과학자 윌(제임스 프랭코). 실험에 참가한 한 유인원에게서 어린 시저(앤디 서키스)가 태어나자 연구를 위해 그를 집으로 데려와 가족처럼 함께 지내게 된다. 하지만 시간이 지날수록 시저의 지능은 인간을 능가하게 되고, 어느 날 이웃집 남자와 시비가 붙은 윌의 아버지를 본능적으로 보호하려는 과정에서 인간을 공격한 시저는 결국 유인원 보호시설로 보내진다. 시저는 자신이 인간과 다른 존재라는 것을 서서히 자각하게 되고, 유인원 집단과 그들을 적대시하는 인간과의 전쟁은 피할 수 없게 되는데...
소개：백악관의 대통령 집무실에 괴한이 침입한다. 인간의 눈에 포착되지 않을 만큼 빠른 움직임, 경호원들이 속수무책으로 당하고 괴한은 돌연변이 구호가 새겨진 단도를 남겨둔 채 사라진다. 암살기도가 있고 난 뒤 돌연변이에 대한 비난여론이 거세지는 가운데 돌연변이 전문가 스트라이커는 문제의 진원지로 사비에 영재학교를 지목하고 나선다. 한편 자비에 교수는 대통령 암살미수사건 이면에 정치적 음모가 있음을 간파하고 암살자를 추적, 스톰과 진을 급파하는 한편 사건의 단서를 얻기 위해 매그니토를 찾아간다.