소개：2000년, 양로원에서 쓸쓸하게 늙어가는 프랭크 시런은 1975년 빌 버팔리노의 딸 결혼식 참석을 위해 길을 떠났던 날을 회상한다. 영화는 제2차 세계대전에 참전했던 노동자 출신의 프랭크가 어떻게 청부살인업자로 활약하게 됐는지 따라가며 주변 인물과 관계를 조명한다. 지미 호파는 전미운수노조의 수장으로서 막강한 권력을 누리고, 프랭크 시런을 범죄로 끌어들인 러셀 버팔리노는 살해 건수를 배당하는 설계자다. 법무장관으로 지명된 로버트 케네디의 견제, 그로 인한 지미의 감옥행은 나비효과처럼 예기치 못한 결과로 이어지는데...
소개：유전자 변이로 태어나 비범한 감각과 능력을 가진 엑스맨들은 인간들로부터 경원당한다. 돌연변이 등록 법안이 추진되는 등 적대감이 고조되자 친구 사이였던 돌연변이 지도자 찰스 자비에 교수와 매그니토는 상반된 방법으로 대응에 나선다. 자비에가 엑스 맨들의 초능력으로 인류를 보호하고 공존하려고 애쓰는 반면 폭력을 택한 매그니토는 등록 법안을 추진하는 상원의원 켈리를 납치해 UN 회담 현장에서 세계 정상들을 돌연변이로 만들려는 계획을 시작한다. 자기의 초능력을 발견하고 가출한 소녀 로그는 기억을 상실한 전사 울버린을 만나 사비에 교수의 엑스맨 군단에 합류한다.
소개：돌연변이성 장관인 엑스맨 출신 비스트는, 제약 재벌 워렌 워딩턴 2세가 돌연변이 유전자를 영구히 제거하는 신약을 개발했으며 이를 빼내려던 매그니토의 오른팔 미스틱이 체포됐다는 보고를 받는다. 알칼리 호수에서 사라져 죽은 줄로만 알았던 진 그레이가 회생하여 돌아오고 자비에는 그녀의 숨겨진 이중자아 피닉스의 부활을 예감, 위험을 경고한다. 모든 상황을 인내해야 한다고 주장하는 엑스맨의 리더 자비에 교수와 적자생존의 법칙을 신봉하는 매그니토의 대립된 의견이 시험대에 오르고, 이는 세상의 모든 전쟁을 잠재울 최후의 전쟁으로 이어진다.
소개：돌연변이들을 멸종시키기 위해 제작된 로봇 센티넬이 인간들까지 모조리 말살하는 2023년. 인류의 종말이 코앞에 닥친 상황에서 프로페서X와 매그니토는 과거를 통해 미래의 운명을 바꾸고자 한다. 울버린은 트라스크가 센티넬을 개발하는 것을 막기 위해 1973년으로 보내진다. 1973년의 찰스는 절망에 빠진 채 행크 맥코이와 함께 은둔 생활을 하고 있고, 에릭은 케네디 대통령 암살 용의자로 붙잡혀 펜타곤 지하 깊숙한 곳에 위치한 수용소에 갇혀 있다.
소개：백악관의 대통령 집무실에 괴한이 침입한다. 인간의 눈에 포착되지 않을 만큼 빠른 움직임, 경호원들이 속수무책으로 당하고 괴한은 돌연변이 구호가 새겨진 단도를 남겨둔 채 사라진다. 암살기도가 있고 난 뒤 돌연변이에 대한 비난여론이 거세지는 가운데 돌연변이 전문가 스트라이커는 문제의 진원지로 사비에 영재학교를 지목하고 나선다. 한편 자비에 교수는 대통령 암살미수사건 이면에 정치적 음모가 있음을 간파하고 암살자를 추적, 스톰과 진을 급파하는 한편 사건의 단서를 얻기 위해 매그니토를 찾아간다.